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La base más fundamental es el nivel de limpieza requerido (como ISO 5 a ISO 9). Las clases más altas exigen sistemas de filtración de aire más avanzados (filtros HEPA/ULPA), tasas de cambio de aire más altas y un sellado más estricto, lo que aumenta directamente los costos.
Los metros cuadrados totales, la altura del techo y la complejidad del diseño (por ejemplo, número de salas, esclusas de paso, esclusas de aire) impactan significativamente los costos. Los diseños personalizados con formas irregulares o múltiples zonas requieren más ingeniería y materiales.
El sistema de calefacción, ventilación y aire acondicionado (HVAC) es un componente de costo importante. Los factores incluyen el tipo de filtros de aire, las unidades de manejo de aire (AHU), los conductos y los requisitos de control de temperatura/humedad. El control climático preciso para industrias sensibles (como la farmacéutica) añade gastos adicionales.
La elección de los paneles de pared (por ejemplo, acero inoxidable, compuesto de aluminio, PVC), el piso (epoxi, vinilo) y los materiales del techo afecta tanto los costos iniciales como los de mantenimiento a largo plazo. Los materiales duraderos y fáciles de limpiar, adecuados para entornos estériles, son más caros.

