Hay muchas industrias donde los filtros del recinto limpio HEPA desempeñan un papel importante en asegurar pureza del aire y la eliminación de la contaminación potencial. Los recintos limpios industriales se utilizan en el médico, farmacéutico, comida y bebida, y las industrias del semiconductor, entre otros, para proteger productos sensibles y los procesos contra infecciones aerotransportadas, las partículas microscópicas, y otros agentes contaminadores.

En hospitales, los filtros del recinto limpio HEPA se utilizan para crear salas de operaciones estéril y seguras. En sectores farmacéuticos y de los productos alimenticios y de las bebidas, estos filtros se utilizan para mantener un ambiente puro que esté libre de la contaminación microbiana y química. En la industria del semiconductor, estos filtros ayudan a reducir el polvo y otras partículas para eliminar cualquier potencial para la contaminación en la cadena de producción.