Los pre-filtros del recinto limpio se diseñan para quitar partículas más grandes del aire antes de que entre en el filtro principal del recinto limpio. Son la primera línea de defensa en asegurarse de que la calidad del aire en el recinto limpio es al más alto nivel posible mantenido. El pre-filtro quita las partículas que podrían estorbar los filtros de HEPA, reduciendo su eficacia y vida útil. Estos filtros están disponibles en los diversos tipos, diseños, y los tamaños, haciéndolos convenientes para diversos usos del recinto limpio.

Los pre-filtros del recinto limpio vienen en diversos tipos, cada uno con sus características únicas y ventajas. Los tipos mas comunes de pre-filtros disponibles incluyen los filtros de medios superficiales extendidos, los filtros plisados, los filtros de la fibra de vidrio, y los filtros del carbono. Los filtros de medios superficiales extendidos tienen un alto diámetro de apriete, los filtros plisados ofrecen una eficacia más alta de la filtración, los filtros de la fibra de vidrio tienen un alto diámetro de apriete de la suciedad, y los filtros del carbono tienen la capacidad de absorber olores desagradables y los agentes contaminadores gaseosos.