Los pre-filtros del recinto limpio ofrecen un grado de eficacia que determine su capacidad de capturar partículas de un tamaño específico. El grado de eficacia se expresa típicamente en términos de eficacia mínima del filtro que divulga el valor (MERV). Los grados de MERV se extienden de 1 a 20, con grados más altos ofreciendo una mejor eficacia de la filtración. Generalmente, un grado más alto de MERV indica que el filtro es más eficiente en la captura de partículas más pequeñas.

Los pre-filtros del recinto limpio se hacen de diversos medios de filtro, incluyendo fibras sintéticas, papel, fibra de vidrio, y carbono activado. Los filtros de la fibra sintética son comunes porque tienen diámetro de apriete y eficacia excelentes de la filtración. Los filtros de papel son menos costosos y eficaces en la captura de partículas grandes, mientras que los filtros de la fibra de vidrio tienen un alto diámetro de apriete de la suciedad. Los filtros del carbono activado se utilizan para quitar los agentes contaminadores gaseosos y los olores desagradables.