Los sistemas de la HVAC requieren el uso de filtros de asegurarse de que el aire siga siendo limpio y libre de partículas dañinas. Hay varios tipos de filtros disponibles, incluyendo los filtros mecánicos, los filtros electrostáticos, y los filtros de HEPA. Los filtros mecánicos utilizan una barrera física para capturar partículas, mientras que los filtros electrostáticos atraen y llevan a cabo partículas a través de una carga electrostática. Los filtros de HEPA son los más eficientes y pueden capturar las partículas tan pequeñas como 0,3 micrones.

El nivel de limpieza de un sistema de la HVAC refiere a la cantidad de aire limpio que se entregue a un espacio. Se mide en cambios del aire por la hora (ACH), que es el número de épocas que el aire en un espacio se substituye totalmente por hora. ACH recomendado para los espacios comerciales es alrededor 4-6, mientras que ACH para los hospitales y los laboratorios puede ser tan alto como 12-15.

Al diseñar un sistema de la HVAC, es importante considerar factores tales como el tamaño del espacio, el tipo de ocupación, y el nivel previsto de contaminación atmosférica. El diseño de la canalización y la colocación apropiados de los registros de aire son también consideraciones importantes. El sistema se debe diseñar para proporcionar incluso la distribución del aire en el espacio y para prevenir la acumulación de aire estancado.